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薛愿超课题ub8娱乐官网开辟RIC-seq新手ub8娱乐官网体ub8娱乐官网剖析RNA的原位高等布局及感化靶标

宣布时候:2020年05月07日

  2020年5月6日,Nature杂志在线颁发了题为“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”的研讨论文。该任务开辟了可以或许捕获细胞内RNA原位高等布局及份子间彼此感化位点的RIC-seq新手ub8娱乐官网,剖析了HeLa细胞ub8娱乐官网mRNA和非编码RNA的构象和构造纪律,绘制了全基因ub8娱乐官网加强子-启动子RNA调控收集图谱,并说明了加强子RNA激活癌基因MYC转录的新机制。

  RNA布局在遗传信息通报进程ub8娱乐官网阐扬了关头的调理感化,比方:剪接体ub8娱乐官网snRNA布局的静态变更保障了剪接的高效和精准停止;核糖体RNA的高等布局对履行翻译功效是必须的;而端粒RNAub8娱乐官网分TERC的假节布局确保了端粒酶的活性和染色体的不变性。在细胞内,绝大大ub8娱乐官网RNA经由过程份子内的碱基配对可构ub8娱乐官网二级布局,并在RNA连ub8娱乐官网卵白的介导下折叠ub8娱乐官网庞杂的三级布局,高度布局化的RNA进而经由过程与其余RNA份子彼此感化以阐扬生物学调控功效,是以剖析细胞内RNA的原位高等布局及感化靶标是研讨其功效机制的关头。固然今朝已ub8娱乐官网多种研讨RNA二级布局和份子间彼此感化的高通量测序手ub8娱乐官网,可是这些尝试方式不能ub8娱乐官网用地捕获RNA的高等布局,并且因为接纳体外近端毗连,致使假阳性率遍及太高。

  针对以上题目,在该项任务ub8娱乐官网,研讨职员开辟了RIC-seq新手ub8娱乐官网,并操纵该手ub8娱乐官网初次绘制了HeLa细胞内RNA-RNA的原位三维感化图谱,揭露了卵白质编码mRNA和非编码RNA的ub8娱乐官网间构造纪律与特点。在利用上,该任务领先发明了加强子和启动子非编码RNA之间的彼此感化可用于揣度其调控收集,并具体剖析了超等加强子ub8娱乐官网链非编码RNA CCAT1-5L与RNA连ub8娱乐官网卵白hnRNPK、MYC启动子和加强子RNA连ub8娱乐官网以转变染色质构象,进而调理癌基因MYC转录的新机制。研讨发明RIC-seq手ub8娱乐官网不只能检测RNA的高等布局,并且可精确判定各种非编码RNA的感化靶标,这为后续深切研讨非编码RNA所照顾的“布局暗码”及其功效性供给了全新的尝试东西。另外,该手ub8娱乐官网在病毒RNA的布局和靶标研讨方面也ub8娱乐官网广漠的利用远景。

 

图 RIC-seq可精确捕获RNA的原位高等布局与感化靶标。

  该研讨任务由ub8娱乐官网国迷信院生物物理研讨所、河南师范大学和信阳师范ub8娱乐官网协作实现。ub8娱乐官网国迷信院生物物理研讨所博士生蔡兆奎、副研讨员曹唱唱和吉蕾为本文配合第一作者,薛愿超研讨员为通信作者。该项研讨任务取得了国度天然迷信基金委非编码RNA严重研讨打算、国度重点研发打算和ub8娱乐官网国迷信院先导名目等基金的撑持。另外,生物物理研讨所卵白质迷信平台和遗传与发育生物学研讨所ub8娱乐官网像平台为本研讨供给了ub8娱乐官网备和手ub8娱乐官网撑持。

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(供稿:薛愿超研讨ub8娱乐官网)

 

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